В 1999 году по инициативе ветеранов Военно-морского флота России было принято решение "О создании в Москве постоянно действующей экспозиции истории и развития подводного флота и ракетной техники России". Правительство Москвы поддержало эту инициативу и первым экспонатом стала дизельная подводная лодка Б-396 проекта 641Б. В 2006 году новый московский музей принял своих первых посетителей. В 2007 году из Каспийска в музей были доставлены амфибийные средства военно-морского флота – боевой морской транспортно-десантный экраноплан "Орленок" и десантно-штурмовой катер на воздушной подушке "СКАТ". Таким образом, в состав экспозиции вошла целая эскадра разнородных сил ВМФ с экспонатами, не имеющими аналогов в мире. В 2010 году открылся тренажерный стенд, представляющий собой модель кабины боевого морского транспортно-десантного экраноплана "Орлёнок". Современный выставочный павильон открыл свои двери для посетителей в 2014 году. В нем представлена экспозиция "Величие и глубина", посвященная истории создания подводного флота России, выставка "Страницы морской славы. Великие флотоводцы", посвященная великим флотоводцам России: от Петра I до С.Г.Горшкова, выставка "Символы флотского мужества", посвященная 320-летию создания регулярного флота России. В Музее на регулярной основе проводятся "Уроки мужества" для учащихся средних образовательных школ, курсантов кадетских училищ, а также программа по социокультурной реабилитации инвалидов "Доступная среда и инклюзия в музее". Коллекция музея насчитывает 6475 предметов и формируется по 11 основным направлениям: спасательные устройства и средства, приборы, механизмы, устройства, инструменты корабельные, вооружение ВМФ, документы, фотографии, живопись, графика, скульптура, форма одежды, книги, макеты.